《神雕侠侣》的结局，仿佛是一首未竟的曲子，在襄阳的硝烟中戛然而止。杨过和小龙女隐居古墓，看似与世无争，但江湖的波澜却从未停止，那些被埋藏的恩怨情仇，也并未随时间而消散。人们常常好奇，在他们退居幕后之后，江湖又发生了怎样的变迁？这便是《神雕侠侣》后传所要讲述的故事，一段充满血雨腥风、命运交错的传奇。
故事的开端，便是另一场震慑人心的襄阳之战。这一次，领军的是气势汹汹的忽必烈，他野心勃勃，想要一统天下，而扼守襄阳，便成了他必须攻破的堡垒。与以往不同，忽必烈此次胸有成竹，为了彻底铲除江湖武林的潜在威胁，他从四面八方搜罗来了一批实力强劲的高手：波斯第一高手霍山，玄冥神掌的创始人百损道人，金刚门创始人火工头陀，以及金轮法王的嫡传弟子达尔巴。他们汇聚一堂，宛如四面楚歌，让江湖人士为之胆寒。
这四大高手，个个身经百战，功力深厚。尤其是霍山，他自创的圣火令武功，威力惊人，霸道至极，犹如烈火焚烧一切。达尔巴更是怀着复仇的火焰，疯狂修炼龙象般若功，最终将其修炼到登峰造极的境界。面对蒙古铁骑和这四大高手的联手攻势，郭靖决定孤注一掷，要从千军万马之中斩首忽必烈，以解襄阳之围。然而，命运弄人，四大高手竟不讲武德，悍然联手围攻郭靖，顷刻间，英雄迟暮，双拳难敌四方，郭靖最终命陨沙场，人头被枭首示众，少林门前血染长空。
东邪黄药师、南帝段智兴和周伯通闻讯赶来，悲愤交加，誓要为郭靖报仇。然而，岁月无情，英雄迟暮，他们虽竭尽所能，最终也难逃一死，在襄阳的战场上长眠沙场。耶律齐见形势逆转，知晓大势已去，竟不择手段地抓住黄蓉和郭芙，转而投靠蒙古人，落得忘恩负义的下场。杨过得知此事，怒火中烧，带着小龙女冲入战场，眼见郭芙、黄蓉被悬吊，他怒斥耶律齐的卑劣行径，随即与他展开了一场激烈的搏斗。最终，他将耶律齐打得重伤不起，救下了黄蓉和郭芙。郭芙更是恨透了耶律齐，一剑穿心，报了家仇。
然而，更大的悲剧还在前方。杨过看到郭靖的首级高悬城门之上，内心的痛苦难以言喻。他要夺回郭靖的首级，为他报仇雪恨，却遭到了四大高手的联手围攻。想当年，杨过断了右臂，又长期生活在潮湿的古墓之中，饱受类风湿性关节炎的折磨，实力已大打折扣。最终，他被达尔巴打得身亡，倒在了襄阳的城墙下。小龙女悲痛欲绝，想要为杨过报仇，却被郭芙拦住。郭芙含着泪水劝道：龙姑娘，你也要为自己着想，更要为腹中的孩子着想啊。危急时刻，黄蓉让郭芙带着小龙女尽快离开，她决心与襄阳共存亡，断绝后路。郭芙苦苦哀求，黄蓉却固执己见，最终，她含泪将小龙女托付给郭芙，带着小龙女和神雕离开了即将沦陷的襄阳城。
孤寂的战场上，小龙女虽然伤心欲绝，却为了肚中的孩子，强忍悲痛，努力活下去。在郭芙的悉心照料下，她为杨过生下了一对活泼的双胞胎儿子。大儿子取名为阳顶天，是后来的明教教主；二儿子取名为杨霸天，是黄衫女子的父亲。这对天赋异禀的兄弟，从小就展现出过人的武学天赋，是练武的绝佳苗子。小龙女倾注了所有的希望，将《九阴真经》传授给他们，希望他们能够为父亲报仇雪恨。阳顶天精通《九阴真经》，又融会贯通了杨过自创的黯然销魂掌，威力无穷；杨霸天则继承了郭靖的降龙十八掌，一招一式都蕴含着强大的力量。
这两个少年英雄，很快就成长为一代宗师，然而，这仍旧不足以平息他们心中的仇恨。小龙女决定将他们带到剑冢山，让他们跟随神雕学习独孤求败的剑法。阳顶天先后领悟了利剑、紫薇软剑、玄铁重剑、木剑剑法，最终领悟了剑法的精髓；杨霸天则臻至了无剑的境界，以无招胜有招。与此同时，江湖武林人士不甘心屈服于蒙古人的暴政，纷纷揭竿而起，抵抗蒙古人的统治。然而，四大高手在武林之中横行霸道，滥杀无辜，将不愿归顺蒙古人的人员残忍杀害，丐帮更是死伤惨重，江湖武林陷入了一片血雨腥风之中。
正义的怒火终将点燃，阳顶天和杨霸天挺身而出，踏入了江湖，他们决心要为父报仇，铲除四大魔头。虽然这四大高手实力强悍，但兄弟二人同心协力，势如破竹，最终战胜了霍山、百损道人、达尔巴和火工头陀，为父亲报了血海深仇，平定了江湖浩劫。丐帮长老看到杨霸天精通降龙十八掌，得知他是杨过的后人，便纷纷推举他为丐帮帮主，杨霸天顺理成章地成为了丐帮帮主。
随着明教日益壮大，却因触犯元朝的底线而备受压迫。阳顶天得知明教教主柳啸天被蒙古人暗杀，便挺身而出，出手解救，却为时已晚，柳啸天身受重伤，临终前将女儿柳心茹托付给了阳顶天，并立他为明教教主。就这样，阳顶天娶了柳心茹，成为了明教的领袖，为了推翻元朝的暴政，他带领着明教弟子奋起反抗，攻城略地，声势浩大。后续的故事，又将如何发展？我们且待下回分解。
